在我國蘋果育苗研究過程中，蘋果育苗肥料的管理受到了廣泛的關注。在冬秋兩季前對蘋果幼苗施基肥。有機肥如豬糞、牛糞、羊糞、土肥、堆肥等可作為主要肥料。此外，應該使用生物肥料。

    每年兩次至三次施頂肥，肥料可采用氮肥、磷肥和鉀肥綜合施用;此外，為了滿足蘋果幼苗的生長需要，在蘋果幼苗不同的生長階段，如開花時噴硼酸，果實著色時噴磷酸二氫鉀，都要進行追根。這樣可以保證蘋果幼苗在不同的生長期需要不同的肥料，大大提高土壤肥力，在一定程度上增加土壤中有益微生物的數量，起到防治蘋果樹根系病害的作用